Diversas autoridades, incluso internacionales, también han elogiado la labor humanista de Samuel Joaquín Flores, por distinguirse como promotor incansable de obras sociales realizadas en beneficio de la comunidad. Su contribución ha impulsado de manera significativa el desarrollo de varias colonias de Guadalajara y de diversas partes de México.

Su trabajo de coordinación, dirección e impulso por obras de asistencia social, centros educativos y hospitales, ha permitido que el trabajo del hermano Samuel sea reconocido por muchas personas. Así mismo, la creación de centros recreativos, deportivos y de esparcimiento, dotados de canchas de básquetbol, voleibol y fútbol, son obras que están visibles en el Gimnasio “México 68” y en la “Viña de Jezreel”, y cuya fundación se debe al hermano Samuel Joaquín Flores.

Auspició la formación de la asociación civil “Elisa, A.C ” para canalizar los recursos destinados a obras de caridad y beneficencia pública. De igual manera instituyó la Fundación Maestro Samuel Joaquín Flores , dedicada a proporcionar becas a estudiantes sobresalientes y de escasos recursos.

Así mismo, ha promovido la formación de ejemplares comunidades Hermosa Provincia en otras ciudades del país y del extranjero, modelo que algunos países han seguido, conformando comunidades similares, donde los cristianos luchan por superarse día a día, consiguiendo incluso elevar su nivel de vida económico y académico.

En otras colonias de Guadalajara ha erigido las siguientes obras de carácter eminentemente social y muestra de su gran altruismo:

" Un edificio albergue en la col. Bethel.

" Un asilo en la Col. Mtro. Aarón Joaquín, en donde se presta atención integral a anci anos, niños y necesitados.

 En su tarea continua por depurar las formas instintivas y negativasdel ser humano, Samuel Joaquín Flores ha incluido, también en su misión, a la gente marginada por los vicios, la que constituye por sí misma una amenaza, gente amedrentada, llena de dudas, de frustración y cuyo escape es la desesperanza.

En su discurso religioso, no existe discriminación hacia ninguna persona: a los excluidos por la propia sociedad, Samuel Joaquínlos convocadiariamente a reconocer la vinculación entre Dios y su doctrina, entre la fe y la esperanza les hace germinar la paz y el amor a sí mismos y a los demás, así como el respeto a la vida,empezando por el cuidado individual e integral. 

Por su calidad huamana, por su prédica religiosa en el mensaje firme y veraz, u en el ejemplo de vida y por el cúmulo de acciones sociales encaminadas al bienestar de la sociedad su nombre ha sido incluido entre los 10 mexicanos más ilustres del Siglo XX, según las estadísticas de una encuesta realizada de Septiembre a Diciembre por la revista "Época" y publicada en el No.448, el 3 de Enero del año 2000.

La contribución del maestro Samuel Joaquín en el área de salud, es igualmente invaluable. Sabe que la salud es un derecho humano indispensable; por ello, también ha colaborado en el fomento y creación de Instituciones Médicas en las que se proporciona servicio a los sectores más vulnerables de la sociedad. Así, en este rubro no se puede dejar de reconocer su directa participación en las obras que ha realizado en pro de la sociedad tapatía, entre las que destacan:

El Instituto Fraternal Maestro Aarón Joaquín , ubicado en la calle Esteban Alatorre. Este pequeño sanatorio fue construido por el hermano Samuel Joaquín e inaugurado el día 6 de abril de 1965, por el Gobernador del Estado de Jalisco, Medina Ascencio.

La más reciente de las obras en este campo es el Hospital Siloé, ubicado en Pablo Valdez 3843, unidad habitacional Ramón López Velarde, en la ciudad de Guadalajara, Jalisco. Este nosocomio, que fue construido y puesto en servicio en el mes de agosto del 2002, es una importante obra social realizada únicamente con recursos económicos aportados por el maestro Samuel Joaquín, quien tiene planeado convertirlo en uno de los mejores hospitales de la región.

Con esta obra que representa la cristalización de un gran proyecto social, el espíritu benefactor del hermano Samuel Joaquín estará permitiendo que los habitantes de las colonias del oriente de la ciudad de Guadalajara, sin importar el credo religioso que profesen, puedan recibir servicio médico de cualesquier especialidad y a bajo costo.

Esta unidad médica es, sin duda, la primera de su tipo que se instala en esta zona de la ciudad de Guadalajara. Esta zona se caracteriza porque, sus alrededores, están habitados por personas ingresos medios económicos, quienes ya pueden acceder a los servicios que otorga el Hospital Siloé Otro proyecto también de naturaleza social y humanística, es el Hospital de Especialidades situado en la ciudad Puebla e impulsado por el hermano Samuel Joaquín. En este lugar, la mayor parte del personal médico y de enfermería, lo constituyen profesionales de la comunidad de la Iglesia La Luz del Mundo.